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乙肝病毒标志物阴性或乙肝表面抗体与乙肝核心抗体阳性，血清中可检测到低水平乙肝病毒 ＤＮＡ或肝组织检测出乙肝表面抗原或乙肝核心抗原称隐匿性乙肝病毒感染。隐匿性乙肝病毒感染的机制为：
乙肝病毒 Ｓ区域突变
在乙肝病毒ｓ区域的１２４～１４７氨基酸序列包含＂α＂决定子和包含应答乙肝表面抗体显性Ｂ细胞抗原簇。单个氨基酸在这个区域的替换间接破坏乙肝表面抗体的循环产生，导致在接种疫苗或隐匿性乙肝病毒感染后发生变异性感染。
乙肝病毒整合
乙肝病毒 ＤＮＡ序列整合在急慢性乙肝病毒感染的细胞染色体ＤＮＡ中，乙肝病毒 ＤＮＡ整合可能导致病毒ＤＮＡ序列的重排，这导致了乙肝表面抗原表达的改变和乙肝表面抗原阴性感染。
外周血单个核细胞乙肝病毒感染
在急性和慢性乙肝病毒感染者外周血单个核细胞中出现乙肝病毒 ＤＮＡ的频率很高，包括Ｔ细胞和Ｂ细胞等单个核细胞，乙肝表面抗原阴性患者的外周血单个核细胞乙肝病毒感染的确立支持外周血单个核细胞可能是乙肝病毒持续存在的病毒库假说。
乙肝病毒免疫复合物
在急性肝炎早期，乙肝病毒可以自由和免疫复合物形式存在。而后在乙肝表面抗原转向乙肝表面抗原后就转化为免疫复合物为主，这表明血清中的乙肝病毒 ＤＮＡ与乙肝表面抗体形式的免疫复合物可能会促成隐匿性乙肝病毒感染发生。
宿主的免疫反应和病毒干扰
机体免疫功能低下或免疫耐受状态下，可能无法清除低水平的病毒而出现隐匿性乙肝病毒感染。
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